Dérogation Espèces protégées : insuffisance des mesures compensatoires

Présentation de la situation

Pour rappel, le Code de l’environnement contient une section réservée à la conservation des sites géologiques et des habitats naturels des espèces animales et végétales présentant un intérêt spécifique particulier. L’article L.411-1 du même code liste plusieurs comportements interdits vis-à-vis de ces écosystèmes, comme la destruction des sites géologiques présentant ledit intérêt scientifique. Ces dispositions aménagent la relation entre aménagement du territoire et protection de l’environnement.

Pourtant, l’article L.411-2 du Code de l’Environnement permet de déroger à cette interdiction sous plusieurs motifs. L’un de ces motifs n’est autre que « l’intérêt de la santé et de la sécurité publique ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique ».

Dès qu’un projet de construction peut constituer un risque d’atteinte à des espèces protégées, au sens des articles L.411-1 et L.411-2 du code de l’Environnement, une dérogation Espèces protégées est obligatoire afin d’obtenir une autorisation environnementale.

Que dit la décision du Conseil d’Etat ?

En l’espèce, le Conseil a eu à étudier une autorisation environnementale qui avait été accordée par arrêté préfectoral, mais le juge administratif, par une décision du 10 octobre 2025 (N°495136), considère que les mesures compensatoires ne suffisent pas pour obtenir une dérogation Espèces protégées, des mesures d’évitement et de réduction sont également nécessaires pour réduire le risque d’atteinte à des espèces protégées.

Par cette décision, le Conseil d’Etat rappellent que les mesures compensatoires ne peuvent en aucun cas se substituer aux mesures d’évitement et de réduction. La compensation est importante, mais elle n’intervient qu’en dernier recours, une fois les deux premiers déjà pleinement mobilisés.

Le Conseil d’Etat précise alors qu’il y a obligation d’obtenir une dérogation si le risque d’atteinte à une espèce protégée est suffisamment caractérisé et que les mesures d’évitement et de réduction sont inadaptées, insuffisantes ou inexistantes.

Enfin, cette décision renforce le contrôle du juge administratif sur les autorisations environnementales et les dérogations Espèces protégées, sécurisant juridiquement l’application des articles L.411-1 et L.411-2 du Code de l’Environnement.